Vor Jahren hat Käptminn Blaubär die Welteroberungspläne seines ehemaligen Sandkastenfreundes Feinfinger zerstört. Nun ist die Stunde der Rache gekommen. Feinfinger, mittlerweile verrückter Wissenschaftler und genialer Verbrecher, hat die drei Bärchen entführt. Zusammen mit Hein Blöd sticht Käptminn Blaubär in See, um seine Enkel zu befreien. Die Zeit drängt. Feinfinger will die drei Bärchen zu Superschurken heranziehen und mit ihrer Hilfe die Welt in seine Gewalt bringen. Doch die Reise Käpt'n Blaubärs ist voller Gefahren. Feinfinger schickt seinem Erzfeind ein monströse Schiff mit einer Bande gruseliger Krokodil-Piraten und den gefürchteten Wellenzwergen entgegen.